Tanken om at skabe et egnsmuseum på Mandø er gammel - men da Niels Peder Hede ønskede at nedrive sit hjem i 1962 for at bygget nyt på grunden, var der en kreds af interesserede mennesker, der øjnede muligheden for at oprette et egnsmuseum på stedet.
Huset var det mest velbevarede på Mandø, og Niels Peder Hede indvilgede i at sælge på den betingelse, at der blev oprettet et lokalmuseum på stedet.
Foreningen "Mandøhuset" har siden starten mødt stor interesse og tilslutning fra lokale beboere og andre, der gennem tiden har doneret inventar, skibsmodeller, billeder, optegnelser, dokumenter og "historier" m.m. - således at skipperhjemmet nu fremstår som et seværdigt historisk minde over søfartstiden og livet på Mandø i 1800-tallet.